La Maestría en Epidemiologia surge para dar respuestas a la necesidad que tiene el país de contar con profesionales de la salud,  especializados en esta área, por tanto la Universidad Nacional Autónoma de Honduras en conjunto con la Secretaria de Salud  y el apoyo Técnico y financiero del Proyecto de Reconstrucción Regional de América Central PRRAC, Salud y Educación, desarrollaron el Plan de Estudios y pusieron en marcha este postgrado a partir del 2003.

Esta Maestría fue creada para capacitar en el uso de las herramientas modernas de análisis epidemiológicos y estadísticos, que permitan la ejecución de acciones que impacten en los problemas de la salud en los campos de: Prevención, Vigilancia, Pronostico   y Tratamiento y Control de Enfermedades prevalentes, emergentes y re emergentes en el país.

Se inicio para dar formación al personal de epidemiologia de la Secretaria de Salud para luego en la actualidad ser abierta para todos los  profesionales de la salud que deseen formarse en esta área.