Los objetivos específicos de esta iniciativa son los siguientes:

• Crear un programa de maestría en enfermedades infecciosas incluyendo las zoonosis que incorpora los aspectos microbiológicos, sociológicos y epidemiológicos mediante el análisis de las causas y consecuencias de las enfermedades infecciosas en Honduras.
• Integrar a las comunidades y organizaciones representativas en el proceso del abordaje de las enfermedades infecciosas y zoonóticas en Honduras.
• Fortalecer la investigación en la UNAH facilitando el desarrollo de mecanismos para la adquisición y administración de fondos para investigación y la implementación de nuevas políticas relacionadas con ética e integridad de la investigación y bioseguridad
• Apoyar el desarrollo de la enseñanza y la investigación en enfermedades infecciosas y zoonóticas en la Universidad Nacional de Agricultura.
• Favorecer el ambiente para la investigación en el Departamento de Microbiología de la UNAH y la UNA, propiciando la transferencia de tecnología y de recursos financieros que generen nuevos conocimientos y oportunidades de investigar y diseminar los resultados promoviendo una cultura de investigación transdisciplinaria.
• Promover y consolidar las alianzas entre organizaciones nacionales, regionales e internacionales, investigadores y otros socios  incluyendo comunidades y sociedad civil  para formar redes con los usuarios de la investigación y potencializar los cambios en las prácticas y políticas relacionadas con las enfermedades infecciosas.