Se estructura el proyecto Maestría de Educación en Ciencias para Centroamérica, Honduras y El Salvador en el marco del Programa Mesoamericano de Intercambio Académico ANUIES-CSUCA como medio para lograr la integración universitaria mesoamericana a través de Postgrados conjuntos relacionados con las necesidades regionales aprovechando los modernos sistemas de comunicación para favorecer la educación a distancia.

En el año 2002 se firma un Convenio entre la UNAH y la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla con el fin de elevar el nivel académico de los docentes de la UNAH que requieren de conocimiento especializado en las áreas pedagógicas de las ciencias.

El Postgrado se crea en el año 2003 y surge del interés de las autoridades de la UNAH de apoyar el programa de formación permanente de los profesores de las licenciaturas científicas de las ciencias naturales y exactas, así como de las materias básicas de Biología, Química y Medicina de la Universidad.