Tiene su origen en 1999 cuando se creó la Especialidad en Derechos Humano, misma que en el año 2005, después del análisis y estudio del Instituto de Investigación Jurídica, se  transforma en  Maestría en Derechos Humanos y Desarrollo.

La enseñanza,  la investigación y la extensión son las  áreas sobre las cuales se plasma este programa, dándole autenticidad y significado social a la formación en derechos humanos y tomando todo esto desde una perspectiva endógena. Se fundamenta en  la promoción humana que asegure, a todos los hondureños y hondureñas, el goce efectivo de todos sus derechos económicos, sociales, culturales, civiles y políticos; y, en consecuencia, su derecho al desarrollo individual, familiar, comunitario, local y nacional. “

Por el valor, el enfoque y el alcance de esta Maestría, ha sido reconocida desde su inicio por el Instituto Interamericano de Derechos Humanos, reafirmando la importancia que esta novedosa carrera interdisciplinaria, de interés social nacional, que se enfoca en  la intima e indivisible relación entre los derechos humanos de los habitantes y el desarrollo nacional y centroamericano.