El programa de Maestría en Ciencia Política y Gestión Estatal  se creo en el año  2001, con el interés de formar profesionales de alto nivel, que coadyuven a la estabilidad política nacional y contribuyan a  crear condiciones políticas económicas y sociales favorables para el desarrollo del país. Se orientó en dos corrientes del conocimiento: primero, mediante la aproximación al conocimiento científico de la ciencia política, sus teorías, desde el positivismo-conservador, hasta las teorías actuales  que explican el cambio generado desde 1989 y segundo el estudio de los fenómenos que se utilizan en la aplicación de esta disciplina , es decir el objeto de estudio que es Honduras, su evolución histórica política, su entorno político y los factores externos que lo influyen.